入夜时分，第21装甲师的处境已岌岌可危，因为它的东、西两面都处在英军坦克部队的威胁下。但是，隆美尔指挥的德第90轻装师已经在当日傍晚，切断了马特鲁港以东35千米处的滨海公路，堵塞了英军的退路。英第13军军长戈特决心动摇，下令该军撤退。午夜过后，新西兰师对德第21装甲师所组成的包围圈发起突击，毫无防备的第21师被击溃。6月28日夜，英第10军近三分之二的部队也分成小队，突围而去。
6月30日，隆美尔的先头部队已进抵阿拉曼。阿拉曼的阵地起自阿拉曼车站，直到南面55千米处的卡塔腊盆地。这是一道很长的防线，除了阿拉曼周围有永久性的堡垒以外，防线主要由若干互不相连的工事组成。这些工事是近几个星期内由英军工兵和意大利战俘匆忙构筑的。防线的两翼比较可靠，第8集团军退守该防线后进行了紧急整补，第9澳大利亚师也开了上来。阿拉曼往东75千米就是埃及重要港口亚历山大，后勤补给十分便利。英皇家空军为支援第8集团军空前活跃起来，对隆美尔的部队和后勤补给线进行着猛烈的轰炸。